通常在高温曲制造过程当中，所需要的细菌、芽孢菌、霉菌的数量上都是很多的，才能满足这个过程当中的需要。一般来说高温曲主要是由曲母、原料和环境等微生物组成的是个非常复杂的微生物群。在高温曲中，细菌的数量比霉菌存在的数量要多得多，霉菌只是九牛一般的存在,但是也是不可或缺的一部分。因为高温区中酵母和放线菌所占的比例比较少,所以可以使大曲内的菌系向繁殖细菌方向不断的转化，提高转化率。高温区中的高温细菌所占的比例很高，高于其他种类的菌类。在高温曲生产过程中,微生物发酵的情况和由它新陈代谢的酶的数量有很大的关系。在高温加热过程中培养出我们所需要的制作高温曲所需要的高温微生物和各种酶。