制作济宁酒曲时的原辅材料的发酵时间以及原辅材料保存环境内的环境温度也会有所影响。时间段和环境温度是影响原辅材料发酵的根本原因，如果济宁酒曲发酵的时间段比较长，那样可以确保发酵，但是如果发酵的时间段比较短的话，那样发酵肯定是不够的。常用原辅材料的粗细程度也会对原辅材料的发酵有一定的影响。
      一般情况下，原辅材料越细，它的粒度就会越小，对酒曲内的糖化剂的接触总面积就越大，原辅材料接触酒曲的总面积越大，越能缩短发酵时间。而且有没有对原辅材料进行一个很好的搅匀工作，也会影响济宁酒曲的发酵。搅匀的目的就是确保所有的原辅材料都可以充足发酵，像是器皿底部的原辅材料就是非常不容易发酵的，可是如果将它搅匀一下，就可以确保所有原辅材料的发酵匀称。
      在济宁酒曲制造时使用水源的质量问题。在酿酒的时候，肯定是离不了对于水的使用的，水又被称作酒曲之血，如果水的质量不太好的话，肯定会对原辅材料的发酵有一定的影响。